17. juunil 1940 okupeeris NSV Liit Eesti ning korraldas 21. juunil riigipöörde. 6. augustil liideti Eesti Nõukogude Liiduga. Elanikkonna allutamiseks moodustati Eesti NSV-s repressiivorganite võrgustik: NSV Liidu Siseasjade Rahvakomissariaadi Riikliku Julgeoleku Peavalitsuse operatiivgrupp Eestis, Eesti NSV Riikliku Julgeoleku Valitsuse, vastuluureosakondade, salajas-poliitilise osakondade, Punaarmee eriosakondade ja 3. osakondade ning Erinõupidamiste – "Troikade" ning Sõjatribunalide süsteem.
Esialgsed arreteeritavate nimekirjad koostasid NKVD ja NKGB töötajad maakonna- ja linnaosakondades, mille kinnitasid NKVD ja NKGB osakondade ülemad. Nimekirjad kinnitasid vabariiklikul tasemel ENSV NKVD (hiljem NKGB) ülem või tema asetäitja. Arreteerimised viidi läbi Eesti NSV prokuröri või tema asetäitja loal, kes kinnitasid ka süüdistuskokkuvõtte.
Kohtuotsused vormistasid peale NKVD vägede Sõjatribunali ka veel SARKi Raudteevägede Sõjatribunalid, Balti Sõjaväeringkonna Sõjatribunal, NSV Liidu Punaarmee 8. Armee Sõjatribunal, Balti Laevastiku Sõjatribunal ja NSV Liidu Siseasjade Rahvakomissariaadi juures asuv Erinõupidamine.
Aastatel 1940 – 1941 mõisteti Eestis tegutsenud Erinõupidamiste ja eriliigiliste Sõjatribunalide poolt surma vähemalt 300 isikut, umbes pooled neist enne sõja algust. Enamik mahalaskmisi toimus Tallinnas. 1941. aasta juunist oktoobrini hukati 2199 tuvastatud isikut. Veel näiteid:
• Tartu vangla massimõrv 8.-9. juulil, mille käigus lasti maha 192 inimest - 172 meest ja 20 naist. Ohvritele tulistati püstolist pähe, enamasti näkku. Laibad heideti kaevu või maeti vanglaõuele.
• Tallinnas Pirital, Sheeli krundil toimunud massimõrv, kus ühes hauas avastati 1942. aastal 14 mehe ja ühe naise laibad, kes olid sinna maetud elusalt. Ohvrite käed olid selja taha kinni seotud, inimesed maeti pärast piinamist elusalt, et püssipaukudega mitte tähelepanu äradata. Kokku on teada seal krundil perioodi 1940-1941 jooksul mõrvatutest 78 inimese isikud.
• Saaremaal Kuressaares piiskopilinnuses mõrvati 18. september 1941. aastal 90 inimest – 87 meest ja 3 naist.
• Saaremaalt Iide külast leiti 20 ja Salme vallast 25 mõrvatut.
• Viljandi vanglas hukati 8. juulil 1941 10 meest ja üks 14-aastane poiss, ühel haavatul õnnestus hauast välja ronida ja põgeneda.
• Läänemaal, Lihulas pandi 9. juulil toime 6 inimese ja Haapsalus 11 inimese hukkamised.
Pärast juuniküüditamist hakkasid paljud inimesed ennast varjama. Sõja algpäevil andis Jossif Stalin oma 3. juuli kõnes käsu “paljaks põletatud maa” taktika rakendamiseks. NKVD ja NKGBle anti juhised “pidada halastamatut võitlust igasuguste tagala desorganiseerijatega ja panikööridega”.
Eestis algas üldine terror rahva vastu ning talude rüüstamine ja põletamine. Kommunistlik partei, Eesti NSV rahvakomissaride nõukogu ja NKVD moodustasid nende ülesannete täitmiseks 13 hävituspataljoni, kellele vajaduse korral anti abiks ka armee üksusi. Kuu-pooleteise jooksul mõrvati ja jäi peamiselt Põhja-Eestis teadmata kadunuks ligi 3000 inimest.
Rahva enesekaitseks terrori vastu sündis metsavendlus ehk eesti rahva partisanisõda nõukogude okupatsiooni vastu.
1940. aastal vangistati Eestis ligi 1000 ja 1941. aastal ligi 6000 inimest. Enamik neist mõisteti süüdi ja saadeti NSV Liidu vangilaagritesse, kus suurem osa neist suri või hukati. Olemasolevatel andmetel hukati 1940. aastal vangistatutest vähemalt 250 ja vangistuses suri ligi 500; 1941. aastal vangistatutest hukati üle 1600 ja vangistuses suri ligi 4000.
Vägivaldse genotsiidi ja sõjaroimade tulemus Nõukogude okupatsiooni aastail 1940/41 oli ümmarguselt 41 tuhat hukkunud, hukatud või lihtsalt mõrvatud Eesti kodanikku, mis on ligi 4% okupatsioonieelsest rahvaarvust.