Fast 150.000 Menschen wurden während der Besetzungen aus den baltischen Staaten nach Sibirien deportiert. Mehr als 30.000 von ihnen stammen aus Estland, mehr als 59.000 aus Lettland und mehr als 49.000 aus Litauen. Ziel war es, die aktiven und potentiellen Gegner der Sowjetmacht und ihre nahen und Familienmitglieder und damit die nationale Elite, die Widerstand leisten und organisieren konnte, zu neutralisieren.
Die Deportationen wurden von den Besatzungsbehörden – Mitarbeitern der UdSSR und des Estnischen Volkskommissariats für innere Angelegenheiten (NKWD) – zusammen mit örtlichen Helfern organisiert. Die Menschen mussten ihre Häuser verlassen und wurden in Tierwagen transportiert. Ihr Eigentum wurde beschlagnahmt. Der Abschiebung ging kein Prozess voraus. Bei der Zahl der Deportierten ist zu berücksichtigen, dass es sich bei den meisten Deportierten buchstäblich um Frauen, Kinder und alte Männer handelte, für die nie eine individuelle Verurteilung ergangen ist. Die Männer sowie einige Frauen in prominenten Positionen wurden unmittelbar nach ihrer Verhaftung von ihren Familien in Estland getrennt und in Gefangenenlager gebracht, wo sie später durch eine Sonderentscheidung des NKWD, eines Tribunals oder sogar eines lokalen Oblasts verurteilt wurden. Die meisten sogenannten Deportierten im Juni starben bereits 1941 oder 1942, viele wurden zum Tode verurteilt und erschossen, der Rest bekam meist bis zu zehn Jahren Gefängnis. Die Bedingungen in den Gefangenenlagern waren während des Krieges äußerst unmenschlich, und die meisten der in die Gefangenenlager Eingewiesenen starben im ersten oder zweiten Jahr der Haft.
Die Deportationsorte lagen meist an schwer zugänglichen Orten in Gebieten mit rauem Klima und weit entfernt von größeren Städten. Die Lebensbedingungen waren unmenschlich, es fehlte an angemessenen Unterkünften und medizinischer Versorgung, selbst an Grundnahrungsmitteln, Kleidung und Schuhen herrschte großer Mangel.
Nur wenige Fälle wurden ziemlich bald nach der Deportation aus Sibirien befreit. Hunderttausende von Menschen, die aus der ganzen damaligen Sowjetunion nach Sibirien deportiert wurden, hofften, nach dem Tod von Joseph Stalin im Jahr 1953 in ihre Heimat zurückkehren zu können. Die Freilassung begann schrittweise nach Kategorien. Im März 1953 verabschiedete das Präsidium des Obersten Sowjets der UdSSR ein Amnestiedekret, das zur Freilassung von bis zu fünf Jahren aus politischen Gründen Inhaftierten verwendet wurde. Diese Amnestie erstreckte sich nicht auf diejenigen, die im Juni 1941 verhaftet wurden.
Die ersten wichtigen Entscheidungen zur Entlassung aus Sonderunterkünften wurden 1954 getroffen. Bereits 1953 war das Innenministerium der UdSSR der Meinung, dass Personen unter 16 Jahren für einen dauerhaften Aufenthalt entlassen und gemäß dem General registriert werden sollten. Ein Jahr später fiel die Entscheidung bezüglich der Kinder jedoch milde aus. Am 16. Juli 1954 erließ das Innenministerium der UdSSR die Anordnung Nr. 00597, die der Verordnung Nr. 1439-649 des Obersten Sowjets der UdSSR vom 5. Juli 1954 entsprach. Gemäß der Anordnung betraf es Kinder, die nach dem 31. Dezember 1937 geboren wurden.
Der Durchbruch bei der Befreiung Sibiriens kam 1956, aber selbst das wurde nicht automatisch vollzogen. Zunächst musste der Abgeschobene oder einer seiner Angehörigen einen Haftentlassungsantrag stellen. Die letzten Freilassungsentscheidungen wurden 1965 getroffen.
Ihr Eigentum wurde den Deportierten nicht zurückgegeben. Die Rückgabe des Eigentums wurde erst nach dem Ende der Besatzung und der Wiederherstellung der Unabhängigkeit der baltischen Staaten möglich.