Casi 150 000 personas fueron deportadas de los Estados bálticos a Siberia durante las ocupaciones. Más de 30 000 de ellos son de Estonia, más de 59 000 de Letonia y más de 49 000 de Lituania. El objetivo era neutralizar a los opositores activos y potenciales del poder soviético y a sus familiares y allegados y, por lo tanto, a la élite nacional, que podía ofrecer y organizar la resistencia.

Las deportaciones fueron organizadas por las autoridades de ocupación: empleados de la URSS y del Comisariado del Pueblo de Estonia para Asuntos Internos (NKVD) junto con asistentes locales. Las personas fueron obligadas a abandonar sus hogares y transportadas en carros de animales. Sus propiedades fueron confiscadas. La deportación no fue precedida por un juicio. Con respecto al número de deportados, debe tenerse en cuenta que la mayoría de los deportados eran mujeres, niños y ancianos, para quienes nunca se dictó una condena individual. Los hombres, así como algunas mujeres en posiciones destacadas, fueron separados de sus familias en Estonia inmediatamente después de su arresto y enviados a campos de prisioneros, donde luego fueron condenados por una decisión especial de la NKVD, un tribunal o incluso un óblast local. La mayoría de los llamados deportados en junio murieron ya en 1941 o 1942, muchos fueron condenados a muerte y fusilados, y el resto en su mayoría fueron llevados a prisión durante diez años. Las condiciones en los campos de prisioneros fueron extremadamente inhumanas durante la guerra, y la mayoría de los enviados a los campos de prisioneros murieron en el primer o segundo año de prisión.

Los lugares de deportación se encontraban en su mayoría en zonas de difícil acceso en áreas con climas extremos y lejos de las grandes ciudades. Las condiciones de vida eran inhumanas, faltaba vivienda adecuada y atención médica, y había una gran escasez incluso de alimentos básicos, ropa y calzado.

Solo unas pocas personas fueron liberadas de Siberia poco después de la deportación. Se esperaba que cientos de miles de personas deportadas a Siberia de toda la entonces Unión Soviética regresaran a casa después de la muerte de Joseph Stalin en 1953. La liberación comenzó por etapas, por categorías. En marzo de 1953, el Presidium del Soviet Supremo de la URSS aprobó un decreto de amnistía, que sirvió para liberar a los encarcelados hasta cinco años por motivos políticos. Esta amnistía no se extendió a los reprimidos en junio de 1941.

Las primeras decisiones importantes de liberación de viviendas especiales se tomaron en 1954. Ya en 1953, el Ministerio del Interior de la URSS opinaba que las personas menores de 16 años deberían tener la residencia permanente y registrarse de acuerdo con las normas generales. Sin embargo, un año después, la decisión sobre los niños fue más tolerante. El 16 de julio de 1954, el Ministerio del Interior de la URSS emitió la Orden No. 00597, de conformidad con el Reglamento n.º 1439-649 del Soviet Supremo de la URSS del 5 de julio de 1954. Según la orden, a los niños nacidos después del 31 de diciembre de 1937 se les concedía permiso para volver a casa.

El gran avance en la liberación de Siberia se produjo en 1956, pero ni siquiera entonces la liberación fue automática. Primero, el deportado o uno de sus familiares tenía que presentar una solicitud de liberación. Las últimas decisiones de liberación se tomaron en 1965.

Las propiedades no se devolvieron a los deportados. Esto solo fue posible después del final de la ocupación y la restauración de la independencia de los Estados bálticos.