Lähes 150 000 ihmistä karkotettiin Baltian maista Siperiaan miehityksen aikana. Heistä yli 30 000 on Virosta, yli 59 000 Latviasta ja yli 49 000 Liettuasta. Tavoitteena oli neutraloida neuvostovallan aktiiviset ja potentiaaliset vastustajat sekä heidän läheisensä ja perheenjäsenensä ja sitä kautta kansallinen eliitti, joka voisi tarjota ja organisoida vastarintaa.

Karkotukset järjestivät miehitysviranomaiset – Neuvostoliiton ja Viron sisäasioiden kansankomissariaatin (NKVD) työntekijät yhdessä paikallisten avustajien kanssa. Ihmiset pakotettiin jättämään kotinsa, ja heitä kuljetettiin eläinvaunuissa. Heidän omaisuutensa takavarikoitiin. Karkotusta ei edeltänyt oikeudenkäynti. Karkotettujen lukumäärän osalta on syytä muistaa, että suurin osa karkotetuista oli kirjaimellisesti naisia, lapsia ja vanhoja miehiä, joista ei koskaan annettu yksilöllistä tuomiota. Miehet sekä muutamat naiset merkittävissä asemissa erotettiin perheestään Virossa välittömästi pidätyksen jälkeen ja lähetettiin vankileireille, joissa heidät myöhemmin tuomittiin NKVD:n, tuomioistuimen tai jopa paikallisen alueen erityispäätöksellä (tuomioistuin). Suurin osa kesäkuun niin sanotuista karkotetuista kuoli jo 1941 tai 1942, monet tuomittiin kuolemaan ja ammuttiin, ja loput vangittiin enimmäkseen kymmeneksi vuodeksi. Olosuhteet vankileireillä olivat sodan aikana äärimmäisen epäinhimilliset, ja suurin osa vankileireille lähetetyistä kuoli ensimmäisen tai toisen vankeusvuoden aikana.

Karkotuspaikat olivat enimmäkseen vaikeapääsyisissä paikoissa ankaran ilmaston alueilla ja kaukana suuremmista kaupungeista. Elinolosuhteet olivat epäinhimilliset, kunnollisesta suojasta ja sairaanhoidosta oli pulaa, ja jopa peruselintarvikkeista, vaatteista ja jalkineista oli suuri pula.

Vain muutama tapaus on vapautettu Siperiasta melko pian karkottamisen jälkeen. Satojen tuhansien kaikkialta silloisesta Neuvostoliitosta Siperiaan karkotettujen ihmisten toivottiin palaavan kotiin Josif Stalinin kuoleman jälkeen vuonna 1953. Vapautus alkoi vaiheittain, kategorioittain. Maaliskuussa 1953 Neuvostoliiton korkeimman neuvoston puheenjohtajisto antoi asetuksen armahduksesta, jolla vapautettiin poliittisista syistä enintään viideksi vuodeksi vangitut. Tämä armahdus ei koskenut kesäkuussa 1941 sorrettuja.

Ensimmäiset suuret päätökset erityisasumisesta vapautumisesta tehtiin vuonna 1954. Neuvostoliiton sisäministeriö oli jo vuonna 1953 sitä mieltä, että alle 16-vuotiaat tulee jättää pysyvästi asumaan ja rekisteröidä yleislain mukaisesti (ehdot). Vuotta myöhemmin päätös lapsista oli kuitenkin lempeä. Neuvostoliiton sisäministeriö antoi 16. heinäkuuta 1954 määräyksen nro 00597, joka oli Neuvostoliiton korkeimman neuvoston 5. heinäkuuta 1954 annetun asetuksen nro 1439-649 mukainen. (Määräyksen mukaan lapset syntyneet 31. joulukuuta 1937 jälkeen.)

Läpimurto Siperian vapauttamisessa tapahtui vuonna 1956, mutta silloinkaan se ei vapautunut automaattisesti. Ensin karkotetun tai jonkun hänen sukulaisistaan ​​piti kirjoittaa vapautuspyyntö. Viimeiset julkaisupäätökset tehtiin vuonna 1965.

Heidän omaisuuttaan ei palautettu karkotetuille. Omaisuuden palauttaminen tuli mahdolliseksi vasta miehityksen päättymisen ja Baltian maiden itsenäisyyden palauttamisen jälkeen.