Во время оккупации из Прибалтики в Сибирь было депортировано около 150 тысяч человек. Из них более 30 000 из Эстонии, более 59 000 из Латвии и более 49 000 из Литвы. Цель состояла в том, чтобы нейтрализовать активных и потенциальных противников советской власти и членов их семей, тем самым нейтрализовав национальную элиту, которая могла оказать и организовать сопротивление.

Депортации проводились оккупационными властями – партийно-государственными органами СССР и Народным комиссариатом внутренних дел (НКВД) Эстонской ССР в сотрудничестве с местными представителями. Людей заставляли покидать свои дома и перевозили в вагонах для скота. Их имущество было конфисковано. Депортации не предшествовал суд. Что касается количества депортированных, то следует иметь в виду, что большинство депортированных составляли женщины, дети и старики, которым никогда не выносилась индивидуальная судимость. Мужчины, а также несколько женщин, занимавших видные посты, были разлучены со своими семьями в Эстонии сразу после ареста и отправлены в лагеря для военнопленных, где впоследствии были осуждены специальным решением НКВД, трибунала или даже местного областного суда. Большинство так называемых июньских депортированных умерло еще в 1941 или 1942 году; многих приговорили к смертной казни и расстреляли, остальных посадили в тюрьму на 10 лет. Условия в лагерях для военнопленных во время войны были крайне бесчеловечными; большинство отправленных в лагеря для военнопленных умерло на первом или втором году заключения.

Места депортации находились в основном в труднодоступных местах, в районах с суровым климатом, вдали от крупных городов. Условия жизни были нечеловеческими, не было надлежащего жилья и медицинской помощи, остро ощущалась нехватка основных продуктов питания, одежды и обуви.

Лишь в нескольких случаях люди были отпущены из ссылки довольно скоро после депортации. Сотни тысяч людей, депортированных со всего Советского Союза в Сибирь, надеялись вернуться домой после смерти Иосифа Сталина в 1953 году. Освобождение началось поэтапно и по категориям. В марте 1953 года Президиум Верховного Совета СССР издал указ об амнистии, согласно которой освобождались осужденные на срок до пяти лет по политическим мотивам. Эта амнистия не распространялась на репрессированных в июне 1941 года.

Первые крупные решения об освобождении депортированных из спецжилья были приняты в 1954 г. Еще в 1953 г. МВД СССР придерживалось мнения, что лицам, не достигшим 16-летнего возраста, должны быть предоставлены постоянное место жительства и постановка на учет на общих условиях. Однако через год позиция в отношении детей смягчилась. 16 июля 1954 г. Министерством внутренних дел СССР был издан приказ № 00597, который соответствовал постановлению Верховного Совета СССР от 5 июля 1954 г. № 1439-649. Согласно этому приказу, дети, рожденные после 31 декабря 1937 года.

Прорыв в освобождении людей из сибирской ссылки произошел в 1956 году, хотя и тогда еще не освобождали автоматически. Сначала депортированный или кто-то из его родственников должен был написать заявление с просьбой об освобождении. Последние решения были приняты в 1965 году.

Имущество депортированным не было возвращено. Возврат имущества стал возможен только после окончания оккупации и восстановления независимости Прибалтики.