Près de 150 000 personnes ont été déportées des États baltes vers la Sibérie pendant les occupations. Plus de 30 000 d'entre elles viennent d'Estonie, plus de 59 000 de Lettonie et plus de 49 000 de Lituanie. L'objectif était de neutraliser les opposants actifs et potentiels au pouvoir soviétique et leurs proches, et donc l'élite nationale, qui pouvait assurer et organiser la résistance.

Les déportations ont été organisées par les autorités d'occupation – des employés de l'URSS et du Commissariat du peuple estonien aux affaires intérieures (NKVD) ainsi que des assistants locaux. Les gens ont été forcés de quitter leurs maisons et transportés dans des wagons à animaux. Leurs biens ont été confisqués. La déportation n'a pas été précédée d'un procès. En ce qui concerne le nombre de déportés, il convient de rappeler que la majorité des déportés sont des femmes, des enfants et des vieillards, pour lesquels une condamnation individuelle n'a jamais été prononcée. Les hommes, ainsi que quelques femmes occupant des postes importants, ont été séparés de leurs familles en Estonie immédiatement après leur arrestation et envoyés dans des camps de prisonniers, où ils ont ensuite été condamnés par une décision spéciale du NKVD, d'un tribunal ou même d'un oblast local. La plupart des soi-disant déportés de juin sont morts dès 1941 ou 1942, beaucoup ont été condamnés à mort et fusillés, et les autres ont été pour la plupart emmenés en prison pendant dix ans. Les conditions dans les camps de prisonniers étaient extrêmement inhumaines pendant la guerre et la plupart des personnes envoyées dans les camps de prisonniers sont mortes au cours de la première ou de la deuxième année d'emprisonnement.

Les lieux de déportation se trouvaient pour la plupart dans des endroits difficiles d'accès dans des zones au climat rigoureux et éloignées des grandes villes. Les conditions de vie étaient inhumaines, il y avait un manque d'abris et de soins médicaux appropriés, et il y avait une grande pénurie de denrées alimentaires, même de base, de vêtements et de chaussures.

Seules quelques personnes ont été libérées de Sibérie assez rapidement après leur déportation. Des centaines de milliers de personnes, déportées de toute l'Union soviétique de l'époque vers la Sibérie, espéraient rentrer chez elles après la mort de Joseph Staline en 1953. La libération a commencé par étapes, par catégorie. En mars 1953, le Présidium du Soviet suprême de l'URSS a adopté un décret accordant l'amnistie, qui a été utilisée pour libérer les personnes emprisonnées jusqu'à cinq ans pour des raisons politiques. Cette amnistie ne s'étend pas aux personnes réprimées en juin 1941.

Les premières décisions importantes de libération d'un logement spécial ont été prises en 1954. En 1953, le ministère de l'Intérieur de l'URSS était d'avis que les personnes de moins de 16 ans devaient être laissées en résidence permanente et enregistrées conformément au règlement général. Cependant, un an plus tard la décision concernant les enfants était clémente. Le 16 juillet 1954, le ministère de l'Intérieur de l'URSS a publié l'ordonnance n^o 00597, conformément au règlement n^o 1439-649 du Soviet suprême de l'URSS du 5 juillet 1954. Selon celle-ci, les enfants nés après le 31 décembre 1937 furent autorisés à rentrer chez eux.

La percée dans la libération de Sibérie a eu lieu en 1956, mais même alors, la libération n’était pas automatique. Dans un premier temps, le déporté ou l'un de ses proches devait rédiger une demande de libération. Les dernières décisions de libération ont été prises en 1965.

Leurs biens n'ont pas été restitués aux déportés. La restitution des biens n'est devenue possible qu'après la fin de l'occupation et le rétablissement de l'indépendance des États baltes.