In den baltischen Staaten wird der Begriff Partisanen aufgrund der politisierten Bedeutung des Wortes während der Sowjetzeit nicht für bewaffnete Widerstandskämpfer verwendet. Auf Estnisch waren die Metsavennad, auf Lettisch Mežabrāļi und auf Litauisch Miško Broliai Einheiten, die während des Zweiten Weltkriegs und später nach der sowjetischen Invasion, den Kampf gegen die Sowjetherrschaft fortsetzten und in Estland, Lettland und Litauen operierten.

1940 besetzte und annektierte die Sowjetunion Estland, Lettland und Litauen. Aufgrund drohender Repressionen wurden ehemalige Staatsmänner, Militärs und andere sozial aktive oder prominente Personen in den Wäldern versteckt. Besonders stieg die Zahl der Waldbrüder nach der Massendeportation am 14. Juni 1941 an.

Während der deutschen Besatzung bildeten die Waldbrüder die Selbstverteidigungskräfte.

Die Rote Armee eroberte 1944–1945 Estland, Lettland und Litauen zurück. In den folgenden Jahren versteckten sich aufgrund der stalinistischen Repression und der sowjetischen Herrschaft mehr als 70.000 baltische Bürger in den Wäldern. Die Größe und Zusammensetzung der Widerstandseinheiten reichte von Waldbrüdern, die ausschließlich zur Selbstverteidigung bewaffnet waren, bis zu großen und gut organisierten kampfbereiten Gruppen.

In den späten 1940er und frühen 1950er Jahren versorgten die britischen (MI6), amerikanischen und schwedischen Geheimdienste die Forest Brothers mit Ausrüstung, Kommunikation und logistischen Informationen. Diese Unterstützung spielte eine Schlüsselrolle bei der Führung der baltischen Widerstandsbewegung, obwohl sie nach einem ernsthaften Zwischenfall bei der Operation Jungle des MI6 erheblich zurückging, als britische Doppelagenten (Kim Philby und andere) Informationen an die sowjetischen Behörden weitergaben, die es dem KGB ermöglichten, diese zu identifizieren, zu infiltrieren und zu vernichten. Viele baltische Partisaneneinheiten und Separation verhindern, dass sie weiteren westlichen Geheimdiensten ausgesetzt sind.